Las siguientes comisiones están compuestas por voluntarios coordinados por la Técnico de Intervención Socioeducativa y por la Coordinadora:

Dentro de los programas de intervención directa, esta comisión se hace cargo del Área Psicopedagógica del Programa de Acogida Socioeducativa a Adolescentes Inmigrantes; el más antiguo de todos y con el que se inició el SEI.

Esta comisión se responsabiliza del Área de Inglés del Programa de Acogida Socioeducativa a Adolescentes Inmigrantes. No se trata de meras clase de inglés, sino que se trabajan también otros aspectos psicopedagógicos en común con la Comisión del Área Psicopedagógica

Comisión de Ocio y Tiempo Libre: esta comisión se responsabiliza de la segunda parte de la intervención directa: el Programa Intercultural de Acogida a Adolescentes en el Tiempo Libre. Además de las actividades propias del programa se encarga de contactar con entidades de Pamplona y su comarca, con las que poder realizar actividades conjuntas en las que participen los menores del SEI

Su marco de actuación es el Programa de Formación de Voluntariado, de las Familias y de otros Agentes Sociales Implicados. Esta dirigido fundamentalmente a los voluntarios que trabajan en el SEI, a las familias de los menores que acuden al SEI, a la Coordinadora y a otros agentes sociales implicados (especialmente las asociaciones donde se incorporan los menores).

Se hace cargo del Programa de Investigación y Sensibilización, que es el segundo de los que no son de intervención directa con los adolescentes inmigrantes. Los objetivos principales son el análisis de la realidad migratoria, la sensibilización de la población de acogida, y la promoción de una modelo intercultural que dé cabida a todos los sectores sociales.

Además de las anteriores comisiones el SEI cuenta, entre otros, con apoyos en actividades específicas, en labores administrativas, en el mantenimiento de los locales o en la difusión del proyecto.